小魔女琪琪將滿十三歲,按照傳統,她須獨自前往新的城市進行為期一年的修行。她與黑貓吉吉在滿月之夜離家,踏上修行之旅。到達克里克後,琪琪發現要融入當地的生活是一個大挑戰。
琪琪在鄉村長大,鄰里關係密切。城市人的價值觀、奇異目光和偏見,令她不知所措。在重重挑戰中,她結識了蜻蜓——一位憧憬飛行的少年,以及索娜——一位給予指引和鼓勵的麵包店老闆娘。他們幫助琪琪適應新生活和找到歸屬感。
為了開創自己的人生道路,琪琪決定運用飛行專長發展速遞事業,然而,接二連三的挫折動搖了她的信心,加上與初戀對象蜻蜓的關係令她心慌意亂,為修行增添難度。最終她能否突破困境?與蜻蜓的感情又將如何發展?
琪琪的魔女修行,是一段關於魔法、成長與自我探索的旅程。