作為一所神學院，澳門聖保祿學院的教學體制必須遵守《耶穌會會憲》中的相關規定，但基於客觀條件與現實需要，為依據范禮安在1597年10月下達的具體指令，實際施行的主要課目，分別是包括多種語言教學的人文課程 (Humanitas)、包括自然科學內容的哲學課程 (Philosophia, Artes)，由教理神學和倫理神學構成的神學課程 (Theologia)。
必須承認，雖然澳門聖保祿學院的教學體制還不能算是完整意義上的大學教育，但它確實標志着遠東耶穌會教育體制中的最高水準。