根據歐洲的宗教傳統以及《耶穌會會憲》的規定，耶穌會士們一直熱衷於在遠東各個傳教地建立神學院(Collegio)。鑒於在日本等地的實踐經驗以及傳教形勢，耶穌會視察員神父范禮安(Alessandro Valignano)很早就提議並醞釀在澳門建立附屬於日本教區的神學院。然而，當他在1593年正式提出建校構想時，印度以及日本管區的傳教士紛紛表示反對，雖然他們的態度與反對理由不盡相同，但基於自身利益的考慮則是如出一轍。
澳門聖保祿學院的建立及其相關爭議，不僅呈現出教會內部不同派別的利益之爭，同時也對學院自身的發展產生了深刻影響。