在半個世紀裡，天主教在日本人看來是一個團結的整體。儘管存在明顯的分歧，但是，葡萄牙人和西班牙人同屬於一個教廷，雖然他們彼此爭奪對日出帝國貿易和宗教方面的霸權，卻都在努力創造條件往日本帝國傳教。因此，日本當局對他們是同等看待的。自1600 年起，由於第一批新教徒來到日本以及他們迅速與德川家族結盟，這種局面開始發生了變化。