葡人在獲准定居澳門後，逐步產生管理其內部事務的官員。最初有三人，即地方長官、大法官和主教。地方長官源自中日貿易船隊總指揮。自1550 年起，葡王任命一名為王室作出貢獻的紳士作為中日貿易船隊總指揮，授權他組織航行，同時任命他為中日海域船隊所到之葡人社區的最高長官。因此，在船隊停留澳門期間，他就充當澳門葡人的地方長官。由於航期變化等原因，常常出現多個船隊總指揮同時停駐澳門的現象。於是，王室又規定，長官之職由先到者擔任。
第一個充當澳門臨時行政長官的是馬爾廷斯（Francisco Martins）。1562 年，佩雷拉（Diogo Pereira）出任中日貿易船隊總指揮，因而行使了澳門行政長官的職責。雖然他的任期到1563 年截止，但他在實際上仍然履行澳門行政長官一職，直到1587 年。不過在相當長的時期裡，澳門並沒有民選的或任命的常駐最高長官一職。此一職責仍由貿易船隊總指揮代行。直到1623 年，葡萄牙國王透過葡屬印度總督正式任命了澳門首任總督。總督制度在澳門的建立，不論就葡人內部自治而言，還是就澳葡與中國的關係而言，都意味着一個重要的變化。
關於總督制的緣起，英國著名的史學家博克塞教授已經注意到了澳門議事會給葡印總督的請求。其實，這個問題涉及澳門居留地的成長、居澳葡人各派勢力在澳門利益的調整、歐西各國在遠東的競爭格局以及王權向海外屬地的滲透等多個方面。本文將通過對上述因素的綜合分析，揭示總督制的起源。