持續數年之久的“南京教案”，最初是明萬曆四十四年（1616）五月，南京禮部右侍郎沈呈上〈參遠夷疏〉，指控外國傳教士潛居南北兩京各地，鼓吹異說誘惑民眾，變亂祖宗綱紀，請予追究查處，隨即在朝廷官員支持下，通令全國禁教。居留北京和南京的耶穌會士龐迪我（Diego Pantoja）、熊三拔（Sabatino de Ursis）、王豐肅（Alfonso Vagnoni）、謝務祿（Álvaro Semedo），被逮捕拷問遞解出境，誅連教徒二十餘人，慘遭酷刑迫害，教堂亦被拆毀變賣。至萬曆四十五年十二月，教難暫告一段落。天啟二年（1622），以沈為後臺的南京官員又起波瀾，藉口基督教徒乃叛亂的白蓮教同黨，逮訊教徒三十餘人，恐怖氣氛再次瀰漫南京城。直到當年七月，時任內閣大學士的沈去職，南京教難方平息。經此摧折，“西士在中國者俱惴惴自危，而各地教務亦為之衰落不振。”
表面上，“南京教案”是一場以鎮壓手段為特徵的政治運動，然在其背後，卻蘊涵着更深層的思想文化衝突。它實際上是在基督教世界保守傾向和明末黨爭日趨濃烈的背景下，佛教僧俗勢力依托於維護儒家傳統的守舊派，同帶來異質文化與擴張理念的傳教士以及主張變革的皈依士大夫之間的一次較量。鑒於此次由中西文化差異性引發的衝突，涉及面相當廣泛，非一篇文章所能闡明，故在這裡着重探討明末基督教與佛教勢力的消長，袾宏《天說》四篇同“利先生”覆函的論爭，沈和佛教的淵源及其所持儒家守舊派的立場，試圖從一個側面剖析影響深遠的“南京教案”的起因。