澳門半島的佛教三大古禪院：在南端內港入口處的馬角山的正覺禪林、在北部原望廈村的普濟禪院、在蓮花莖口蓮花山下的蓮峰禪院，都是由官方或民間的宗教神祠與南禪佛教禪院結合演變而來的，具有大同小異的神、佛聚合一廟的過程與結果。從明清時期的《香山縣志》可知，社稷壇、厲（無祀）壇、城隍廟、文昌廟、關帝廟、北帝廟、火神（華光）廟等本來都是國家祀典所確立，由官方主建和主祭的神廟。而一般的佛寺、道觀，則屬於民間私建的廟宇，屬於民間宗教信仰的系統。但在澳門地區，兩者往往因特殊的環境和歷史變遷而出現合流，最後都變為民間化的寺廟之結果。例如，正覺寺本來是鄰近於明末由官、商共同創建的馬角天妃廟的一間禪院，最後被天妃廟兼併為其中之一部份。而蓮峰廟則自官、商共創之初便已融合天后、觀音、土地社等神、佛為一廟，最後形成了把官方祀典以及民間宗教的各主要神、佛都合為一廟的結果。至於普濟禪院則是由望廈鄉官民合建的祀壇、民建的觀音堂與禪僧創建的禪院合併演變而成的各種神、佛合廟。由於明清易代、葡人在清末侵佔了澳門地區（包括鄰近原澳門城的望廈等七村及青洲、甴仔、九澳等三島）、清朝及繼起的民國都已滅亡等歷史滄桑變化，在澳門地區以外的原香山縣（今中山、珠海市）一帶的明清官私廟宇大都已蕩然無存或者面目全非，而在澳門地區內的一系列廟宇，無論是葡佔前還是葡佔後創建的，卻都能夠基本保存完好。雖然其中早期的廟宇變化巨大，但都是在和平的情況下伸縮改變，有實物及碑記的史蹟可尋。祇要認真研究探討，是可以清楚看出其源流變化的過程。因此，澳門地區的眾多廟宇尤其是三大古禪院，是研究明清時期珠江三角洲的縣以下城鄉地區的佛教與官方及民間宗教的活教材。
過去，由於不少論著都過於受一些後起的口頭傳說甚至膺品的影響，而忽略了對有關廟宇的原始碑銘的金石文字的研究，故難免有乖史實。本文特別妷重對一些真實的文物資料作新的探討，敬請方家指正。