澳門聖保祿學院原是1594年為日本教區而設的培養耶穌會神父的機構，興建不久，便有來自日本神學校的日籍神學生在此完成神學院的學業後成為耶穌會神父。幕府開始實行鎖國政策後，大批日本修士和同宿來到澳門，面臨着加入耶穌會和成為教區神父兩種選擇；而此時耶穌會內部對日本人基本不抱有好感，唯恐他們返回日本後作出魯莽出格的舉動，影響耶穌會聲譽，便限制日本人入會。但是，日本本土卻亟需傳教人員。為了能夠既不損壞耶穌會名譽，又能拯救日本教會的艱難局面，澳門的長上便採取了折中之法，在澳門創建日本人神學校，專門負責教區神父的培養。相應地，一直以來以培養耶穌會的日本人神父為主要目的的澳門聖保祿學院，也開始逐步轉向以培養耶穌會的歐洲人神父為主要職能。