天主教1549年傳入日本，距離乘坐中國人帆船的葡萄牙人漂至九洲南端的種子島七個年頭。1547年，犯殺人罪逃亡國外的日本人彌次郎和沙勿略的會面成為日本天主教歷史上具有劃時代意義、被稱作“輝煌第一頁”的事件。此後，耶穌會會士步其後塵陸續來到日本傳教，耶穌會巡視員范禮安前往日本視察傳教工作，更使得日本的傳教形勢一度達到頂峰。然日本教區常住主教的設立受到來自耶穌會上層人物的阻擾，及日本傳教客觀條件的影響，拖至1597年才得到解決。瑪律廷斯受派遣赴日擔任首任主教，他雖受羅馬教皇的任命，但前往已頒佈天主教驅逐令、嚴格控制傳教士自由出入的日本島國，仍遭到來自外部和內部的重重阻力。經過耶穌會士的斡旋，主教瑪律廷斯最終得以拜見豐臣秀吉，但此次拜見並未令日本統治者放棄實施驅逐令，主教亦被豐臣要求送回澳門。應該說日本教區主教的到任一開始就處於日本傳教事業危機四伏的時期，且不受日本統治者的真心歡迎，這或許就是日本教區主教設立受阻及主教長期居住澳門的重要原因。